此次规划共列出了巢湖治理项目56个，投资约70.75亿元。在规划中明确指出，巢湖流域所有城镇要限期健全污水处理设施和污水收集管网，所有的污水处理厂出水要达到一级排放标准，对于排放湖泊、水库的，要执行更加严格的排放标准。而新建城镇污水处理厂必须配套脱氮除磷工艺，已建污水处理厂，要在2008年6月底以前完成脱氮、除磷改造。

　　在本次公布的巢湖流域规划中针对藻类危机特别作出指示：要求制定巢湖水华(如蓝藻、绿藻、硅藻等)应急处理预案，制定应急控源、应急除藻、信息公告等综合对策预案。

　　规划中还要求形成饮用水源的污染来源预警、水质安全应急处理和水厂应急处理三位一体的饮用水源应急保障体系。到2008年年底之前，巢湖等湖库型饮用水水源地将分别确定一级、二级保护区边界，并设置明确的界限标志。