我市以恢复巢湖山清水秀的生态环境、建设滨湖宜居福地为目标，实施“控源、治污、清淤、修复、活水、禁养”等湖泊综合治理工程，保护巢湖。截至2009年底，巢湖东半湖高锰酸盐指数稳定在三类；TP浓度远远低于国家规定降低10%的考核要求。

　　从保护巢湖水环境出发，我市编制了环湖经济圈发展规划，明确环湖经济以发展科教、旅游经济为主，不得新上污染工业；农村以建设生态农业为主，大力调整种植结构，减少农业面源污染。严格执行《环评法》，全市6个省级开发区全部履行了区域规划环评，2009年共检查企业1646家次，对6家违法排污企业进行了挂牌督办，促使其废水综合达标率达到98%。严把建设项目审批关，2009年以来就否决了27个建设项目，并强行关闭了沿湖酒厂、造纸厂、化肥厂等高污染企业31家。

　　“控源”一马当先，“治污、清淤、修复、活水、禁养”多措并举。在“治污”上，巢湖“十一五”水污染防治规划项目共有29个，截至目前已建成项目15个，完成投资16.2亿元，完成率82%。在“清淤”上，自2000年开始，累计投资2.6亿元实施了巢湖污染底泥疏挖及处置一、二期工程，使水质得到了有效改善。在“修复”上，沿湖堤外充分利用疏挖的底泥，填塘固基，并植树10多万棵、1388亩，同时建成了14公里的湖滨带生态湿地，使巢湖水域水生维管束植物达到42属50种，浮游生物达到71属196种。在“活水”上，充分利用从长江侧引、排水的水位落差，将长江水通过自流为主、机引为辅的方式经西河、兆河引入巢湖，再经裕溪河注入长江，使巢湖由吞吐型湖泊变为过水型湖泊，从而起到了明显的引清释污、以动制静作用，改善了湖泊水环境。在“禁养”上，禁止在巢湖湖区从事围网养殖和湖岸边从事规模化畜禽养殖，同时关闭了巢湖岸边4家规模化畜禽养殖场，否决了3家规模化畜禽养殖场建设项目，渔业管理部门也严格实行了阶段性“封湖禁渔”，增加人工投放，发展生态渔业。